یکی از بهترین و مؤثر ترین روش های برای جداسازی مولکول ها، الکتروفورز است. با استفاده از این روش گروه های پروتئینی به صورت تفکیک شده در می آیند و قابل جداسازی می شوند. این روش انواع مختلفی دارد که برای تست های مختلفی انجام می شود. همچنین این روش در مقایسه با سایر روش ها بسیار مناسب تر و ارزان تر است و مزیت های فوق العاده ای دارد.

الکتروفورز روشی است که با استفاده از آن از میان یک شبکه ی متخلخل، نمونه های دارای بار الکتریکی با استفاده از یک میدان الکتریکی گذرانده می شوند. مولکول ها می توانند در این شبکه با سرعت های مختلفی عبور کنند. که بسته به اندازه ی آن ها، نوع مولکول ها و همچنین بار الکتریکی متفاوت خواهد بود. بنابرین این روش یک روش بسیار مناسب برای جداسازی مولکول ها خواهد بود.

در این روش یک شبکه ی متخلخل وجود دارد و درون آن مایعی محبوس شده است. لایه نازکی از یک مخلوط مولکولی بر روی این شبکه قرار می گیرد. در مرحله ی بعدی در دو سمت این شبکه ی متخلخل اختلاف پتانسیلی اعمال شده و باعث حرکت مولکول های نمونه با سرعت های متفاوت می شود. تفاوت سرعت مولکول ها باعث می شود که قادر به جداسازی مولکول ها باشیم. در فرایند الکتروفورز مولکول های پروتئینی مختلف به صورت گروه های تفکیک شده در قسمت های متفاوتی از شبکه مشاهده می شوند. معمولاً در این دستگاه ها ژل در میان دو محفظه ی بافری قرار داده می شود. و به عنوان تنها واسطه برای عبور جریان الکتریسیته در میان این محفظه ها می شود.

روش الکتروفورز یکی از مهم ترین و معروف ترین روش های آزمایشگاهی برای تفکیک بیومولکول ها است. از مهم ترین مزایا و کاربرد هایی که این روش دارد. می توان به قابلیت تفکیک و تعیین کردن پروتئین ها، قابلیت تفکیک زمانی و مکانی مراحل آنالیز، آسانی انجام این روش، ارزان بودن این روش نسبت به دیگر روش ها و همچنین ارزشمند بودن اطلاعات به دست آمده از طریق الکتروفورز دو بعدی اشاره کرد.